元朝时，土耳其地区由元朝政府授予的地方官员管辖。明朝统治者继承了元朝的“封官”、“礼尚往来”的政策，命令他们这样做。 “每个部落都有自己的部落来听取征兵、镇守、进贡和保管塞的命令”(《明史·官志》)。

清朝灭亡明朝后，土耳其地区的所有土司都相继加入了清朝。清朝继承了明朝的制度，给他们发行了许多纸印，允许他们像以前一样继承和成为土司。清顺治十二年(1655年)，土司的弟弟李化敖被封百家姓，为李土司。据清代一些史书记载，清代甘肃、青海土司地区共有18个土司，其中青海有16个土司，即:董琦土司、西旗土司、东里土司、西丽土司、吉土司、那土司、陈土司、赵土司、辛土司、阿土司、叶土司、甘土司、朱土司、拉土司、王土司、小李土司(李南哥的后裔)。甘肃卓尼原有三个邵瓦族部落，在藏族史书上称为邵瓦三部落。从明清到解放前夕，邵瓦土族一直由土司杨管辖。它们是商朝三旗的少华旗。他们由七个民族组成:吴礼、拉塔伊、莉莉、希娜、萨迪和帕拉。

自清代雍正、甘龙以来，土司的权威被削弱。清朝末年，土司处于名义上的存在状态。明清时期，藏传佛教格鲁派传入土耳其地区后，青海互助土族地区出现了与封建土司制度并存的地方官制度，这是青海互助土族地区西藏地方神权政治制度的延续和发展。

明清时期，土耳其经济和生产发展迅速。土族从一个以畜牧业经济为主的民族发展到一个以农业经济为主，兼营畜牧业和手工业的民族。由于河湟地区良好的农业基础和中原地区先进农业技术的不断引进，促进了该地区土耳其农业经济及其伴随的手工业(如酿酒和纺织)的发展。明清时期是土耳其社会发展史上的一个重要时期，为未来土耳其社会的进一步发展奠定了基础。

辛亥革命后，随着马家军阀势力在甘青地区的不断扩张和发展，除少数仍被封建首领统治的土耳其人外，大部分土耳其人都被马家军阀所控制。

1929年1月，青海省成立。1930年，人民互助社、门源社等青海土族聚居的地方相继成立了县。这个地区的土耳其社区开始由县政府管理。1931年8月，南京国民政府下令废除土司制度(互助土耳其地区的神权政治制度于1930年废除)。就这样，延续了300多年的地方官员制度被彻底废除了。

1938年，土耳其村庄组织成团体，实行保甲制度。当时，他们担任省长、保护者和高级士兵，仍然被旧首领、地方官员或强大的精英所控制。在此期间，由于马家军阀实施的种族压迫和歧视政策，土耳其人民被迫要么隐藏其种族身份，要么移居国外，导致土耳其人口急剧下降。此外，明清以来，藏传佛教格鲁派在土耳其地区得到了广泛传播和发展。土耳其人信仰佛教，并把他们的孩子送进寺庙当和尚，这也影响了土耳其人口的正常增长。据有关调查，1930年以前，青海的土司人口只有3.8万。1933年，青海只有3万多土耳其人，其中互助县约1000户，近7000人，民和县约2000户，1万人，乐都县312户，6300人，大通县约5000人，共和县24户，89人(秋·著《青海民族移民源流考》，新亚，第5卷，第3期到1949年，在互助、人与人、天竺、大同等地约有4万土耳其人。

为了摆脱马家军阀的统治，土耳其人民进行了不懈的斗争。1945年，一些土耳其士兵参加了反对马步芳的勒加湾兵变。

1949年9月5日，中国人民解放军解放了西宁，统治青海各族人民近40年的马家军政权被彻底摧毁。

1954年2月17日，经中华人民共和国国务院批准，土耳其第一个自治区——互助土族自治区成立。1955年改为互助土族自治县。1985年11月6日，根据青海土族人民的生活特点，经国务院批准，取消了青海省民和县，建立了民和回族土族自治县。青海省大同县被废除，大同回族土族自治县成立。到目前为止，获得地区自治的土耳其人约占总人口的71%。此外，在土耳其人口相对集中但人口较少的一些地区，也建立了土耳其城镇。