乾符六年（879）冬，黄巢再度率军北伐，自桂州出发，沿湘江北上，连攻下潭州等地，各地藩镇惶恐不安，不敢出战。广明元年（880）十一月，起义军突破长江，占领东都。接着又突破潼关唐军防线，又占领华州，黄巢命部将留守，自己率军直攻长安，唐僖宗带领少数嫔妃官吏在田令孜所率500神策军的护拥下仓惶逃往成都。

黄巢军前然将柴存进入长安。唐金吾大将军张直方率文武百官迎接黄巢入长安。黄巢金装肩舆，率军浩浩荡荡地进入长安，又杀了留在长安的唐室宗族。广明元年十二月（881），黄巢在长安称帝，国号大齐，改年号金统。唐四品以下官员留用，三品以上官员罢免，又处死一批拒降的唐高级将领官员，没收地主财物。任命尚让为太尉兼中书令，赵璋兼侍中，唐降将崔璆、杨希古为宰相，孟楷为左右仆射。

黄巢政权没有提出明确的经济纲领，没有抓生产建设，也没有乘胜追击唐朝的残余军队，给了敌人以喘息的机会，加上巢将朱温叛变。在陈州等几次战役中黄巢军连连失利。