裕固族的祖先可以追溯到古代维吾尔人。维吾尔语在古代突厥语中的意思是“统一”和“联合”，这是他们自称的。公元745年，维吾尔汗国建立。汗国的疆域包括贝加尔湖以南、阴山以北、兴安岭以西、阿尔泰山以东的蒙古草原区。在汗国存在的近百年中，草原上的游牧部落，以回鹘部为核心，逐渐融合并重新统一为一个统一的回鹘民族。此后，维吾尔成为一个古老民族的名字，包括草原上的游牧部落。维吾尔汗国的可汗接受了唐朝的封爵，成为了唐朝的附属国。

公元84年，汗国在自然灾害和外敌的攻击下崩溃了。该部的几个分支机构向西南迁，其中一个分支机构沿弱水到达河西走廊的甘州(今张掖)，称为甘州惠桧，是未来裕固族的祖先。这个维吾尔人于895年占领了赣州市，并建立了一个独立的政权。公元1208年，回纥政权在西夏的进攻下崩溃，各部分散。其中一个退到敦煌以南，柴达木盆地以北，西部到罗布泊和若羌，自称是“萨利威武尔”、“萨利”和“黄”，所以在中国史书上也叫“湟头回鹘”。

公元1226年，沙里瓦尔人被蒙古军队征服。公元1368年，元朝灭亡，明朝在萨里威吾尔地区建立了安定、阿端和曲冲三卫。

15世纪初，塔里木盆地的叶尔羌族汗国向东扩张，以武力推行伊斯兰教。信奉藏传佛教的萨利维乌尔人被迫向东迁移。当时，关外的一些蒙古族部落也随他们东移至祁连山山麓，逐渐融合成一个新的民族群体——今天的裕固族，因为他们与当地的汉族和藏族长期生活在一起。