乌兹别克人的祖先由印欧语系的伊兰人和来自蒙古-突厥昔班尼汗的牧民混合而成。古代依兰人主要生活在中亚的锡尔河和阿姆河流域，以及泽拉甫山河流域，也被称为中游地区。

公元前2世纪，属于阿尔泰语系的突厥部落开始陆续进入中亚。随着交流的深入，当地土著依兰部落受到了它的影响，逐渐演变成说突厥语的人群。根据活动区域的不同，这些人被称为土耳其人、布哈拉人、费尔干纳人、瓦拉墨子人和撒马尔罕人。乌兹别克人的名字源于公元14世纪蒙古帝国四大汗国之一汗国的统治者苏丹穆罕默德·乌孜别克汗，在元代历史上被称为“越别”和“越祖伯”。在乌兹别克汗的统治下，黄金部落一度强大，当时被称为“乌兹别克汗国”。然而，美好的时光并没有持续多久。从公元14世纪中叶开始，金帐汗国因汗位之争而陷入连年战争。公元15世纪，处于贫困和人口匮乏状态的金帐汗国最终崩溃了。此时，作为金帐汗国一部分的白帐汗国日益强大，在其统治下的农牧民被广泛称为乌兹别克人。

1451年，穆罕默德·昔班尼建立了“昔班尼汗国”。当时，生活在水泽地区和中亚草原及山地森林地带的突厥部落是形成昔班尼汗国的主要部落。从15世纪末到16世纪初，昔班尼汗带领乌兹别克游牧民族走向南方，并通过多年的战斗最终在河中央和费尔干纳河流域确立了他们的统治地位。

这样，南部的乌兹别克人与从事农业的土著人一起生活，开始了部落间新的大融合。由于南部乌兹别克人的语言与当地部落的语言相同或相似，以及他们在政治和经济领域的主导地位，整个乌兹别克人的形成得到了促进。