契丹兴起于10世纪初。931年，拉哈斯向契丹投降。公元947年，辽朝在契丹建立，在瓜哈斯建立了“瓜哈斯王府”。瓜哈斯的首领被任命为王宓的国王，辽国的官员被派去控制它。1125年，女真人建造了黄金，称之为“葛丽晶丝”。

成吉思汗在12世纪末和13世纪初统治了蒙古。1199年，铁木真征服了吉西，在叶尼塞河地区建立了千千府。除了游牧畜牧业经济外，科尔沁旗的农业和手工业也因开垦土地、提高工资、移民设局等措施而得到发展。事实上，恰尔吉斯人仍主要分布在叶尼塞河上游，一些游牧民族生活在汉盖山和天山之间。

明朝时，赵默蒙古的瓦拉部兴起，土司受不了它的压迫，大量西迁至楚河和塔拉斯河。明末清初，留在叶尼塞河上游的恰尔吉斯曾一度被喀尔喀蒙古的哈萨克族哈尔克孜勒汗所羁绊，后来归属于准噶尔蒙古。

17世纪初，俄罗斯军队入侵叶尼塞河上游的奇古里人地区，遭到奇古里人的激烈抵抗。1702年，准噶尔的王策·阿拉博·汗为了避免他的人民和俄国之间的武装冲突，派军队强迫切尔基斯人从叶尼塞河上游迁移到天山的伊塞克湖地区。后来，一些尔齐斯人为了摆脱准噶尔的统治，搬到了塔什干、费尔干纳、帕米尔和喀喇昆仑山。他们与曾经在这些地区游牧的突厥语牧民融合，逐渐成为现代柯尔克孜族。

清代，柯尔克孜族被称为“布鲁特”。天山的南面叫做西布鲁特，天山的北面叫做东布鲁特。清朝统一新疆前后，这些畜生为维护祖国统一做出了应有的贡献。

1757年，布洛特协助清政府镇压准噶尔贵族的叛乱，东布洛特加入清朝；1759年，在平定大小乱局的过程中，布鲁特锡布恰克部落首领阿奇木比曾率军突破大小卓控制的喀什地区，起到了遏制作用。西方的布鲁特加入了清朝。柯尔克孜族入清后，清政府任命其首领统治，并享受就地放牧免土地税、贸易税率降低三分之一等优惠政策，使柯尔克孜族社会得以休养生息。