当朝期间，一直为接班人问题而头疼。一方面，她作为篡位者，一直将自己的儿子视为政敌，杀死了两个，贬谪了一个；另一方面，对武承嗣、武三思，武则天也是心有忌讳的。这两位侄子的父亲被她流放于偏远地带，二人均忧虑而死。

武则天建立了不世伟业，不仅破天荒地当了女皇，开创了自己的王朝，而且令人惊异地稳稳坐了十四年皇座。这在绝对男权的封建社会中，真是不可想象。然而，就是这样一位女皇，在接班人问题上却始终处于两难抉择。

她可以通过“造神运动”把自己置于“半神半人”的超人状况，从而成为一个国家的元首，但她无法改变整个以男性为主导的社会基础。况且，在她自己的内心，也还是摆脱不了传统的男权影响。她虽然非常宠爱女儿太平公主，但她从来没想过要把自己的帝位传给女儿。接班人的竞争主要是在武则天的侄子与武则天的儿子间展开。

中国历史上的女性专权，常有一个明显的特点，就是必须建立自己的势力集团，这一集团的主要力量往往是娘家人。武则天也是如此。武氏家族是一个大的家族，在武则天的后辈中，最出类拔萃的是她的侄子武承嗣与武三思。尤其是武承嗣，称得上武则天“造神运动”中最重要的功臣和始作俑者。

武则天称帝后，立武氏七庙于神都，追尊为武氏的始祖，尊为文皇帝，尊自己的祖先平王少子武为睿祖康皇帝，太原靖王为严祖成皇帝，赵肃恭王为肃祖章敬皇帝，魏义康王为烈祖昭安皇帝，周安成王为显祖文穆皇帝，忠孝太皇为太祖孝明高皇帝，这些人的夫人均称为皇后。

然后，她大封武氏家人为王，立武承嗣为魏王，武三思为梁王，武攸宁为建昌王，武攸归、武重规、武载德、武攸暨、武懿宗、武嗣宗、武攸宜、武攸望、武攸绪、武攸止等都被封为郡王，诸姑姊均被封为长公主。如此一来，武氏的力量顿时空前。而武承嗣谋取太子的呼声则变得非常高。

武则天的儿子睿宗已被降为皇嗣，仍居住在东宫，实际上被严密地监管起来。武则天虽将儿子赐姓为武，而内心深处，仍将儿子划在李家后代的范畴。

最初的时候，武则天确实倾向于武承嗣。为此，她将反对立武承嗣为太子的宰相岑长倩、格辅元诛杀。但武则天内心则不无矛盾，因为，皇嗣毕竟是自己的亲生儿子。

武承嗣为谋太子位，进行了积极的筹划。永昌二年(690年)年底，武承嗣暗中指使王庆之等数百人上表，请立武承嗣为皇太子。

王庆之见武则天，陈述请求。武则天说：“皇嗣我子，奈何废之?”王庆之按照武承嗣的嘱咐，说：“'神不歆非类，民不祀非族。’今谁有天下，而以李氏为嗣乎!”武则天下谕，令他出去。王庆之伏地，以死泣请，不离开。武则天心有犹豫，于是将一张印纸给他，说：“想见我时，以此出示门者。”王庆之以为得逞，屡次求见。

武则天对王庆之得寸进尺的带有要挟性质的举止很是厌恶，大怒之余，命凤阁侍郎李昭德杖打王庆之。李昭德马上将王庆之引出光政门外，对朝士们说：“此贼欲废我皇嗣，立武承嗣!”命侍卫们扑打，一直打到眼睛耳朵都出血为止，最后又将其杖杀之。