秦王朝在确立皇帝尊号的同时，还总结了战国以来各国的官僚制度，建立起了一套适应封建统一国家需要的中央政府机构，这就是三公九卿制度。

三公即丞相、太尉、御史大夫。

九卿即奉常、廷尉、治粟内史、典客、郎中令、少府、卫尉、太仆、宗正。

据史料记载，三公九卿制最早用于夏朝，《礼记》：[夏后氏官百，天子有三公、九卿、二十七大夫、八十一元士。][设四辅及三公，不必备，惟其人。言使能也。]），殷亦三公九卿，（伊尹曰：[三公调阴阳，九卿通寒暑。]）。周以太师、太傅、太保为三公（《通典·职官一》），也有的说三公为司马、司空、司徒（《韩诗外传》曰：[三公之得者何？曰司马、司空、司徒也。司马主天，司空主土，司徒主人），以少师、少傅、少保、冢宰、司徒、宗伯、司马、司寇、司空为九卿。

三公的职责分别为：

丞相：最高行政长官，辅助皇帝处理政务，是皇帝的助手，同时负责对文武百官的管理，从秦开始，丞相正式成为官职，为中央政府中皇帝之下的最高长官。

太尉：最高军政长官，协助皇帝掌管全国军队，负责管理全国军事事务，但他平时没有军权，战时也要听从皇帝的命令，而且要有皇帝的符节才能调动军队，军权实际上也是掌握在皇帝手里。

御史大夫：其地位相当于副丞相，主要职责是管理图籍、奏章，监察文武百官，是皇帝的耳目。

御史大夫下设御史中丞，掌管图书秘籍，同时监察文武官吏；侍御史，掌管文书；监御史，中央派到地方各郡负责监督郡守的御史。

三公之间互不统属，直接隶属于皇帝，便于皇权集中。

三公之下还设有九卿，九卿是指古时中央政府的多个高级官员，指官位很高的人，秦汉时期的卿，不一定是九个人，九卿的职责分别为：

奉常：掌管宗庙礼仪，地位很高，属九卿之首；

廷尉：掌管司法审判；

郎中令：掌管宫殿警卫；

卫尉：掌管宫门警卫；

太仆：掌管宫廷御马和国家马政；

典客：掌管外交和民族事务；

宗正：掌管皇族、宗室事务；

治粟内史：掌管租税钱谷和财政收支；

少府：掌管专供皇室需用的山海池泽之税及官府手工业。

秦朝时期，无论三公，还是九卿，均由皇帝任免调动，一律不得世袭。