日本历史学者一直都认为，美军在广岛与长崎投下原子弹，是日本军方以及日本政府事先没有估计到，或者是在事先准备好的预案以外发生的事情，这样结论就像3年前日本发生的地震海啸以后，核电遭受损失时，日本政府政府的答辩，事情出乎预想之外的结论一样。

在新发现的资料中，日本不但已经对美军开发原子弹的行动有所察觉，而且，在美军B29起飞之前，日本军方已经获知了这个轰炸计划。

日本媒体最近发现，当时日本陆军参谋本部中有一个特殊情报部队，在现有的资料中，这个部队的情报很少留下，或许是在美军占领之前，日本参谋本部曾经动手销毁了一部分秘密档案，其中也包括了这个秘密情报部队的资料。

这个特殊情报部队是专门监视美军在关岛，塞班岛，天宁岛等地的动向，当时日军也能够破解美军内部的联络密码，在持续的监视中，日军方面发现，在驻札这些岛屿的美军中，有一支美军的神秘部队，经过长期观察与解读，日本军方确定这是一支美军投放原子弹的特殊部队（下简称：原子弹部队），因此在进入1945年5月以后，日军方面专门组织一批人，密切监视美军原子弹部队的动向。

因为严格的保密主义，就算日本军方已经知道美国原子弹部队的动向，但是为了不让美军知道日军的监听能力，日本方面没有向国民公布这个情报，同时，日本国内刚刚起步的原子弹研究，也是进展缓慢，原本认为可以获得德国的技术上支援，但派出去与德方联系的潜艇在中途受阻于新加坡，使日本方面研制需要的铀235没有及时运到日本，日本军方只能放弃研制原子弹，但同时也认为日本没有成功的事情，美国也许不能成功，所以，对于秘密情报部队的关于美军原子部队的情报不予以重视。

日本特殊情报部队在监视天宁岛美军原子部队的动向时，发现这支部队不是像日本高层判断的那样只是一支试验部队，而是带有某种神秘使命的实际战斗部队，原因是，美军在占领赛班岛以后，进驻的空军轰炸部队都是大部队，也就是拥有数百架B-29轰炸机的部队，目标是日本全国的各个大城市，而这支美军原子弹部队只有10几架轰炸机，也不执行战斗任务，所以日本情报部队会对这支部队产生浓厚的兴趣，以及加倍注意他的原因。

1945年8月6日，当美国原子弹部队从天宁岛机场起飞，向日本飞来时，日本情报部队就已经发现了这支部队的动向，这个时间距离投放原子弹还有5个小时的时间，特殊情报部队立刻向参谋本部报告，如果参谋本部把这个情报通知广岛司令部，拉响空袭警报，或许被原子弹炸死的人会少很多，但是，参谋本部什么也没有做，广岛成为一座不设防的城市。

广岛被原子弹轰炸以后，日本参谋本部召开会议，确认了这个投在广岛的炸弹是原子弹，就是之前被日本军方认为美国方面不可能研究成功的终极武器，但是还是坚持认为，美国最多拥有1颗原子弹，所以，日本方面没有什么可让步的。

8月9日，在原子弹投下的5个小时，特殊情报部队又发现了美军原子弹部队的动向，又把这个情报报告给参谋本部，这时日本参谋本部还是没有任何反应，于是长崎也成为一座不设防的城市。

当时距离长崎最近的就是日本著名的大村航空部队，这支准备本土决战的航空部队还拥有一定的战斗力，如果这支部队出动，或许长崎的原子弹轰炸就没有了。

战后很多人都有这样的假设[如果]，如果广岛有空袭警报，很多人的生命可以保留，如果长崎的木村航空队出动，原子弹或许只是会丢在海里，这些无作为的就是发动战争的日本军方，战后日本军方为了隐灭证据，把所有特殊情报部队的资料全部销毁，这就是日本军方为了逃避自己的责任，不让民众知道这个特殊部队曾经存在。

为了不知道的目的而发动战争，为了逃避责任而毁灭证据，这就是战犯们的所作所为。