李自成领导的起义军，正在走向兴盛，转眼间却走向了衰落，最后李自成也不知所终。近些年，有关李自成的下落，出现多种说法；有归隐说、自缢说、出家说、九宫山遇难说等。而最普遍的说法是后两种，这两种说法虽被史学界认可，但又争议很大，由于它们缺乏直接的证据证实其的真实性。还有李自成遇难，是在通山九宫山，还是在通城九宫山，在这方面争议也颇大。所有这些问题，都没有一个很好的证据来证明孰是孰非。

1644年四月，李自成在山海关与清兵、吴三桂对战兵败后，勿忙撤回北京城，在太和殿勿勿登基后，便退出了北京城，一路向西安退去。大顺军在北京的兵力是十二万，到山海关作战的队伍为十万兵马。在山海关战场上，他们从未见到过如此凶猛的骑兵杀手，山海关一战，大顺军伤亡约三万七千多人，吴三桂队伍伤亡约六千五百多，而清军只伤亡了三千五百人。经此一战，大顺兵被吓的心惊胆战，从此再无战斗力。从北京退出时，大顺军有兵力八万五千多，一路上不断有士兵逃跑，当到西安时，八万五千人剩下了七万五千人。

1645年初，清兵将至西安，李自成又放弃西安，率领大军兵分两路；一路由李自成率领十万人马向东南行进，一路由李过、高一功等人率领二万五千人马（全是骑兵）向南（并没有一些史料中所说是西去甘肃又南下四川），本来是想吸引清兵来追赶，想把清兵引入四川，但清兵并未上李自成的当，没有分兵去追赶李过的队伍，而是集中五万五千兵马去追击李自成们的队伍。

大顺军出西安后，向东南经蓝田、商州，当到邓州时，被清兵从后追上，双方展开混战。战斗结束后，李自成率领队伍向南退去，在快要到襄阳、在襄阳东北又被清兵追上，双方一番激战后，李自成又向南退去，行到安陆时被清兵又追上，双方又进行激战，战后李自成又向南向武昌退去。武昌城内驻扎的是明军左良玉的部队，闻听大顺军将至，便主动撒出了武昌城，大顺军没经交战，便顺利地进入了武昌城。

经过三次战斗，大顺军伤亡三万二千多人，半路上偷跑走的有一万，最后剩下了五万五千多人，加上襄阳、安陆加入的兵力，到武昌总共还有八万多人（包括后来荆州加入的兵力）。三次战斗中，清军伤亡约九千多人。在襄阳东北交战后，清兵进入襄阳，在这里兵分二路，一路二万人马追击李自成至安陆，在安陆交战后，这一路清军剩下一万七千人；李自成南徹后，他们并设有再追击，而是驻扎在了安陆。

李过、高一功等人率领的二万五千兵马，出西安向南，想吸引清兵入四川未成功后，行到安康便拐向东，经白河、十堰，到襄阳时，正好李自成与清兵，交战刚好南撤，李过的队伍从襄阳穿城而过，清兵也随后入城；在这里，清兵分兵二路，一路追击李自成的队伍，另一路二万五千兵马，向南追击李过的队伍。在钟祥，李过率领的大顺军与追来的清兵展开激战。这一仗大顺军伤亡将近一万，清兵伤亡约五千，这是清兵伤亡最惨重的一次。战斗结束后，大顺军南下宜昌，而清兵南下到了荆州。李过他们在宜昌停留了数天，便向东绕过荆州，经松滋、公安、江陵、潜江、仙桃，进入武昌和李自成会合。清兵在荆州一方面休整，另一方面征集船只，四十多天后，离开荆州顺长江东下，经途又征集船只。清兵一部份乘船，另一部份则沿岸东进，乘船人的马则由岸上的人牵带着，快到武昌时，总共征集到船1400多只，这时在安陆的清兵也南下向武昌而来。

大顺军出京城时，带有黄金10700公斤，白银100000公斤多。这些黄金的2%、白银的10%，是从京城明朝官员家中搜刮来的；而大内府库中的黄金白银数量并没有一些史料中所说的那么巨大。这些金银从京城带到西安，又从西安带到武昌，在从西安去武昌的半路上，李自成将5000公斤黄金埋在了地下面（至今仍在）。